Пилипенко Л.А., Козуб Н.О., Сігарьова Д.Д., Симонов В.Є., Романченко В.О., Челомбітко А.Ф., Острик І.М., Сикало О.О., Івасюк Н.В. — K.: Колобіг, 2012. — 80 с.
ISBN 978-966-2635-29-4У посібнику викладено методики виділення нематод із зразків ґрунту і рослин та методики екстракції ДНК. Детально подано протоколи молекулярно-генетичної діагностики фітопаразитичних нематод, які входять до національного Переліку регульованих шкідливих організмів, з використанням різних видів полімеразно-ланцюгової реакції. Показано способи оптимізації протоколів та валідації методів при їх застосуванні в карантинних лабораторіях.
Робота представляє теоретичний і практичний інтерес для фахівців захисту й карантину рослин, спеціалістів карантинних та діагностичних лабораторій, науковців, аспірантів, студентів профільних навчальних закладів біологічних і сільськогосподарських наук.Молекулярно-генетична діагностика фітопаразитичних нематод з використанням ПЛР.
Загальні положення
Принцип методу ПЛР
Постановка реакції
Оптимізація протоколу ПЛР
Валідація протоколу ПЛРРегульовані види фітопаразитичних нематод в Україні
Виділення нематод з ґрунтових проб та рослинного матеріалу
Виділення рухомих стадій нематод за допомогою модифікованого лійкового методу Бермана
Виділення рухомих стадій нематод методом інкубації коренів
Виділення нематод за допомогою мацерації та фільтрування
Виділення нематод за допомогою мацерації та центрифугування
Екстракція цист з ґрунтуЕкстракція ДНК
Екстракція геномної ДНК з індивідуальних особин нематод за удосконаленим методом Williams et al, 1994
Екстракція ДНК нематод за методом Pastrik et al, 1995
Екстракція сумарної ДНК з індивідуальних особин нематод за допомогою комерційного набору QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen)
Екстракція сумарної ДНК з індивідуальних особин нематод за допомогою комерційного набору Ні High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche) за протоколом для тканин ссавцівЕлектрофоретичний аналіз
Молекулярно-генетична ідентифікація регульованих видів фітопаразитичних нематодРисова нематода Aphelenchoides besseyiСоснова стовбурова нематода Bursaphelenchus xylophilus
ПЛР з використанням поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів за Burgermeister et al, 2005; 2009
ПЛР за маркерами тандемних повторень сателітної ДНК за методикою Castagnone et al., 2005
ПЛР в режимі реального часу за Francois et al., 2007
Соєва цистоутворююча нематода Heterodera glycines
ПЛР з використанням поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів
за Subbotin et al., 2000
Дуплексна ПЛР з видоспецифічними праймерами за Subbotin et al., 2001Колумбійська Meloidogyne chitwoodi та несправжня колумбійська Meloidogyne fallax галові нематоди
ПЛР діагностування М. chitwoodi та М. fallax за IGS маркерами за методикою Zijlstra et al., 2000
ПЛР діагностування М. chitwoodi та М. fallax за IGS маркерами за методикою Wishart et al., 2002
ПЛР з використанням поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів за Zijlstra, 1997
ПЛР в режимі реального часу (TaqMan) за Zijlstra, van Hoof, 2006Несправжня галова нематода Nacobbus aberrans
ПЛР з використанням видоспецифічних праймерів за Anthoine, Mugniery, 2005
ПЛР з використанням видоспецифічних праймерів за Atkins et al., 2005Бананова свердлова нематода Radopholus similisСтеблові нематоди Ditylenchus destructor та Ditylenchus dipsaci
ПЛР з використанням поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів
за Wendt et al., 1993
ПЛР діагностування нематод роду Ditylenchus за SCAR маркерами за методикою Esquibet et al., 2003
ПЛР з видоспецифічними праймерами за Subbotin et al., 2005
ПЛР з видоспецифічними праймерами за за Marek et al, 2005
ПЛР з видоспецифічними праймерами за Kerkoud et al, 2007
