Author(s): Brian Golding and Dick Morton
Language: English
Pages: 170
Electronic Resources......Page 7
Textbooks......Page 8
Journal sources......Page 9
Logging on/off......Page 10
UNIX File System......Page 11
Commands......Page 13
Redirection......Page 15
Shells......Page 16
Background Processes......Page 17
Editors......Page 18
Communications......Page 20
Mail......Page 21
Letter Codes for Sequences......Page 22
Introduction......Page 25
N.C.B.I.......Page 27
E.M.B.L.......Page 32
SwissProt......Page 33
Organization of the entries......Page 35
Other Major Databases......Page 36
NCBI retrieve......Page 38
EMBL get......Page 39
Reliability......Page 40
Sequence File Formats......Page 41
FASTA......Page 51
BLAST......Page 57
BLITZ......Page 68
BLOCKS......Page 72
BLOCKS output......Page 73
Getting the Block......Page 76
Why you should routinely check your sequence......Page 79
USENET......Page 81
Web Search Engines......Page 82
File Servers......Page 83
Databases of Databases: LiMB......Page 84
The Exact Way......Page 85
Identity Blocks......Page 87
The Needleman and Wunsch Algorithm......Page 94
The Smith-Waterman Algorithm......Page 97
Testing Significance......Page 98
``Natural" Gap Weights - Thorne, Kishino & Felsenstein......Page 101
Multiple Sequence Alignments......Page 102
Simple counts as a distance measure......Page 105
Jukes - Cantor Correction......Page 106
Kimura 2-parameter Correction......Page 107
Uneven spatial distribution of substitutions......Page 108
Amino acid distance measures......Page 110
PAM Matrices......Page 111
BLOSUM Matrices......Page 112
GONNET Matrix......Page 113
Gap Weighting......Page 114
Trees of what......Page 115
Terminology......Page 117
Distance Methods......Page 119
Parsimony Methods......Page 121
Maximum Likelihood methods......Page 123
Method of Invariants......Page 124
Quartet Methods......Page 126
Warnings......Page 127
Available Packages......Page 128
PHYLIP Contents......Page 132
Information Theory......Page 145
Chargaff's Rules......Page 147
Analysis of Sequence Motifs......Page 149
Information Content of Sequence Motifs......Page 151
Searching for Sequence Motifs......Page 153
Open Reading Frames......Page 155
Software......Page 156
Codon Usage......Page 159
Codon Pattern by Position......Page 160
Synonymous Codon Choices and Codon Bias......Page 163
Synonymous Codon Bias and the Divergence Rate of Genes......Page 169
