Учебно-методическое пособие. - Иркутск: Иркутский гос. ун-т, 2011. - 50 с.
Учебно-методическое пособие содержит примеры использования современных веб- и интернет-сервисов для решения возникающих перед биологом биоинформатических задач.
В нем освещены общие вопросы работы с биологическими последовательностями и пространственными моделями, кратко описаны применяющиеся в биоинформатике форматы файлов, содержится обзор основных биологических баз данных и сервисов работы с ними. Рассмотрены примеры работы с сервисами для поиска последовательностей, множественного выравнивания, филогенетического анализа, для молекулярного компьютерного моделирования трехмерных структур белков, поиска научных статей по заданным критериям и др. Особое внимание уделено построению пространственных моделей по гомологии.
Задача пособия – дать первоначальные навыки работы с биоинформатическими сервисами и базами данных.
Предполагается, что читатель является уверенным пользователем персонального компьютера и имеет навыки навигации и поиска данных в сети Интернет.
Для студентов, аспирантов, преподавателей интересующихся биоинформатикой.СодержаниеВведение
Подготовка рабочего места
Базы данных для биоинформатика: инструмент и результат
GenBank – база данных биологических последовательностей
Protein Data Bank – банк данных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот
PubMed – база публикаций по медицине и биологии
Контрольные вопросы
Программы и форматы
UCSF Chimera и формат PDB
Редактор JalView и FASTA - формат
Контрольные вопросы
Интернет- и веб-сервисы: основные понятия, проблемы и перспективы
Принципы работы интернет- и веб-сервисов
Выравнивание последовательностей в MAFFT
GeneBee и Bri-shur: сделано у нас
Облачные вычисления – дорога в будущее
Контрольные вопросы
Учебная работа по моделированию пространственной структуры биологического объекта
Задание
Извлечение знаний (Data mining)
Анализ вирусного белка NS3
Скрининг по гомологии
Скрининг с кластеризацией
Построение филогенетического древа
Конструирование трехмерной структуры вирусного белка NS3
Система поиска научных статей в базе данных Медлайн
Исследование функциональных доменов вирусного белка NS3
Необходимое послесловие к моделированию
Список рекомендованной литературы
