DNA和蛋白质序列数据分析工具

1.1 BLAST搜索程序......Page 15
1.2 本地运行BLAST（Windows系统）......Page 27
1.3 多序列比对（ClustalX）......Page 31
参考文献......Page 38
2.1 基因可读框的识别......Page 39
2.2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测......Page 40
2.3 基因密码子偏好性计算：CodonW的使用......Page 45
2.4 采用mRNA序列预测基因：Spidey的使用......Page 47
2.5 ASTD数据库简介......Page 49
参考文献......Page 53
3.1 种子序列的搜索......Page 54
3.2 序列拼接......Page 57
3.3 在水稻数据库中的电子延伸......Page 60
3.4 电子克隆有关事项的讨论......Page 63
参考文献......Page 64
4.1 序列数据的获取和比对......Page 65
4.2 进化距离的估计......Page 70
4.3 分子钟假说的检验......Page 72
4.4 系统进化树构建......Page 74
参考文献......Page 84
第5章 蛋白质结构与功能预测......Page 85
5.1 蛋白质信息数据库......Page 86
5.2 蛋白质一级结构分析......Page 90
5.3 蛋白质二级结构预测......Page 99
5.4 蛋白质家族和结构域......Page 108
5.5 蛋白质三级结构预测......Page 119
5.6 蛋白质结构可视化工具......Page 127
参考文献......Page 130
6.1 MEME程序包......Page 132
6.2 通过MEME识别DNA或蛋白质序列中模体......Page 133
6.3 通过MAST搜索序列中的已知模体......Page 136
6.4 通过GLAM2识别有空位的模体......Page 137
6.6 应用TOMTOM与数据库中的已知模体进行比对......Page 140
6.7 应用GOMO鉴定模体的功能......Page 141
6.8 应用MCAST搜索基因表达调控模块......Page 142
6.9 应用MEME-ChIP发现DNA序列模体......Page 143
6.11 应用DREME发现短的正则表达模体......Page 145
6.12 应用FIMO寻找数据库已知的模体......Page 146
6.13 应用CentiMo寻找主要的富集模体......Page 147
参考文献......Page 148
7.1 生物质谱技术的基本原理......Page 150
7.2 X!Tandem软件......Page 154
7.3 Mascot软件......Page 160
7.4 Sequest软件......Page 165
7.5 蛋白质组学数据统计分析TPP软件......Page 168
参考文献......Page 176
8.1 芯片数据的获取和处理......Page 177
8.2 芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选......Page 182
8.3 GenMAPP芯片数据的可视化......Page 187
8.4 通过GEO检索和提交芯片数据......Page 191
8.5 应用DAVID工具对芯片数据功能注释和分类......Page 193
参考文献......Page 200
9.1 Gene Ontology数据库......Page 201
9.2 KEGG数据库......Page 207
参考文献......Page 220
10.1 Cytoscape软件简介......Page 221
10.2 Cytoscape软件安装......Page 222
10.3 Cytoscape基本操作......Page 223
10.4 应用BiNGO插件进行基因注释......Page 230
10.5 应用BioQuali插件进行基因表达分析......Page 232
10.6 应用Agilent Literature Search插件进行文献搜索......Page 235
10.7 链接BOND数据库做网络分析......Page 237
10.8 应用插件Cytoprophet预测潜在蛋白和结构域的相互作用......Page 241
参考文献......Page 246
11.1 概述......Page 247
11.2 Bioperl重要模块简介和脚本实例......Page 248
11.3 Bioperl安装......Page 267
参考文献......Page 279
12.2 Burrows-Wheeler（BW）转换程序......Page 280
12.3 不要求精确的比对搜索......Page 281
12.4 回溯过量表达......Page 282
12.5 阶段搜索......Page 283
12.6 Bowtie的输出格式......Page 284
参考文献......Page 286
13.1 基因分类器（Gene sorter）工具......Page 287
13.2 基因组浏览器（Genome Browser）......Page 290
13.3 蛋白质组浏览器（Proteome Browser）......Page 295
13.4 表浏览器（Table Browser）......Page 297
参考文献......Page 298
14.1 Bowtie工具......Page 299
14.2 samtools软件包......Page 301
14.3 识别单核苷酸多态性（SNP）......Page 303
14.4 寻找同义突变和非同义突变......Page 305
14.5 发现读框内插入缺失（in-frame indel）......Page 308
14.6 发现其他类型的突变......Page 309
参考文献......Page 310
15.1 数据分析流程......Page 311
15.2 Rfam数据库......Page 314
15.3 miRBase数据库......Page 317
15.4 应用mfold预测RNA二级结构......Page 319
15.5 应用miRAlign搜索miRNA......Page 321
15.6 应用TargetScan预测miRNA的靶基因......Page 322
参考文献......Page 324
16.1 TopHat的分析流程......Page 325
16.2 转录组读序列比对......Page 326
16.3 获得基因表达谱及转录物表达谱......Page 328
16.4 差异表达基因鉴定及注释......Page 331
16.5 SNPs/SNVs及InDels鉴定与注释......Page 334
16.6 选择性剪切（alternative splicing）鉴定......Page 335
16.7 TopHat应用实例......Page 336
参考文献......Page 337
17.1 实例数据的获取......Page 339
17.2 短读序列数据作图到参考基因组......Page 340
17.3 将短读序列数据从头拼接成染色体骨架......Page 342
17.4 大规模染色体骨架拼接......Page 343
17.5 草图和实验物理图谱间的比较......Page 344
参考文献......Page 347
英汉对照词汇......Page 348
英文索引......Page 362
中文索引......Page 368